Kann das nach wie vor nicht nachvollziehen was du da beschreibst. Habe auch keine Idee warum das bei dir anders ist 
. Wenn ich die user.js lösche, bleiben alle Änderungen die bis dahin von ihr geändert wurden weiterhin in der prefs.js bestehen. Es ändert sich also nach dem löschen der user.js nichts.
Siehe hier meine Antwort auf dein damaliges Posting und hier von @nudel.