Ich hatte dasselbe Problem und mir war nicht klar, das ich in den Wireguard Einstellungen den heimischen DNS Server (sprich: Pihole) eintragen muß. Seitdem klappt es. Hilfe kam natürlich hier aus dem Forum! 
Nachtrag: Link zu meiner Lösung damals https://www.kuketz-forum.de/t/ueber-fb-wireguard-vpn-ins-heimische-pi-hole-netz-und-werbung-kommt-durch/2579/4