Hallo,
das Synchronisieren von zwei „auseinander gelaufenen“ Passwortdateien ist eine Standardfunktionalität von KeePass 2.x.
Lade einfach die erste Datei, dann gehe ins Menu nach „File>Synchronize>Synchronize with File …“ und lade die zweite Passwortdatei. Nach meiner Erfahrung funktioniert das in der Praxis sehr gut.
Eine detaillierte Anleitung findest Du hier: https://keepass.info/help/v2/sync.html
Viel Erfolg!