Ich hab es jetzt auch nochmal getestet:
neues Profil angelegt, gestartet.
moderate user.js in den Profilordner gelegt, Profil wieder gestartet,
user.js aus Profilordner entfernt, Profil neu gestartet.
Anschließend sind z.B. diese Einträge in der pref.js:
user_pref("_user.js.prhdb", "ff102_moderat_19082022");
user_pref("app.normandy.enabled", false);
Und die waren vorher beide definitiv nicht drin.
Nachtrag:
wenn ich die Einträge der user.js wieder aus der prefs.js entfernen will, dann nutze ich das Skript prefsCleaner.sh von @claustromaniac.